НДІ НУФВСУ в межах виконання наукових проєктів та надання наукових послуг здійснює співробітництво на національному рівні з такими інституціями, як:
- – Національний олімпійський комітет України,
- – Олімпійська академія України,
- – національні федерації з видів спорту,
- – Київська міська державна адміністрація,
- – Міністерство молоді та спорту України,
- – Українська академія наук,
- – Інститут фізіології імені О. О. Богомольця НАН України,
- – Інститут експериментальної патології, онкології і радіобіології НАН України,
- – Інститут біоорганічної хімії і нафтохімії НАН України,
- – Державна наукова установа «Інститут модернізації змісту освіти»,
- – Інститут фармакології і токсикології НАМН України,
- – Науковий центр радіаційної медицини НАМН України,
- – Національний медичний університет імені О. О. Богомольця,
- – Національний університет харчових технологій,
- – Український науково-дослідний інститут харчування,
- – громадські фізкультурно-спортивні організації України.